一、流动相不同
液相是液体的，液相多了一个泵用来运转。气相的流动相是载气，是气体。一般情况下，液相色谱中固定相多为固体，流动相多为液体；而气相色谱中载气多为惰性气体（N2、Ar等），从适用范围来看：
液相色谱适用最广，可用于化学分析、食品分析、环境分析、药物分析、中草药图谱分析等等，根据目标分析物极性大小不同，出峰时间也就不同；而气相色谱的分析物多为气体或易挥发的物质，从分析物的角度来看，液相色谱应用更广。
二、应用范围不同
气相色谱法：分离能力好、灵敏度高、分析速度快、操作方便等。受技术条件的限制，沸点太高的物质或热稳定性差的物质都难于应用气相色谱法进行分析，一般对500℃以下不易挥发或受热易分解的物质部分可采用衍生化法或裂解法。
三、仪器构造不同
1、气相色谱仪由载气源、进样部分、色谱柱、柱温箱、检测器和数据处理系统组成。进样部分、色谱柱和检测器的温度均在控制状态。
2、高效液相色谱仪主要有：进样系统、输液系统、分离系统、检测系统和数据处理系统组成。
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