大多数肛周脓肿起源于肛腺导管的阻塞伴细菌繁殖和脓肿形成，缺乏波动感时不应延迟引流。治疗目的应包括脓肿的切开引流和防止切口假愈合而导致急性复发。切口宜适当，置管引流或挂线。肛瘘术前常用挂线控制局部感染。尽管很多肛周脓肿在门诊容易治疗，复杂性感染需在麻醉下检查以确保适当的引流。重症感染，尤其是免疫力受损的病人，需要住院治疗。少数肛周脓肿用抗生素，高危病人，如免疫抑制、糖尿病、弥漫性蜂窝组织炎或有假体植入，应考虑使用抗生素。另外，对人工心脏瓣膜、细菌性心内膜炎、复杂性先天性心脏病、先天性心脏畸形、获得性心瓣膜病变（如风湿性心脏病）、肥厚性心肌病以及左房室瓣脱垂伴瓣膜性回流和/或瓣膜尖肥厚的脓肿病人在切开和引流术前应使用抗生素。热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，手术方式是肛门周围脓肿切开引流。

　　1.肛门周围脓肿切开引流术在局麻下就可进行，在波动最明显处作放射状切口，保证引流通畅。

　　2.坐骨肛管间隙脓肿要在腰麻或骶麻下进行，在压痛最明显处用粗针头穿刺，抽出脓液后，在该处作一平行于肛缘的弧形切口，避免损伤括约肌，探查脓腔使引流通畅后，置管或油纱条引流。

　　3.骨盆直肠间隙脓肿切开引流术要在腰麻或骶麻下进行，切开部位因脓肿来源不同而不同。如脓肿向肠腔突出，手指在直肠内可触及波动，应在肛镜下行相应部位直肠壁切开引流；如脓肿源于经括约肌肛瘘感染者，引流方式与坐骨肛管间隙脓肿相似。

　　肛周脓肿切开引流后，绝大多数形成肛瘘。近年来有采用脓肿切开引流加一期挂线术的报道，可避免肛瘘的形成。