绿脓杆菌有菌体o抗原和鞭毛h抗原。一是o抗原含有内毒素和原内毒素蛋白质两种成份。原内毒素蛋白质是一种高分子、低毒性，免疫原性强的保护性抗原，不仅存在于不同血清型绿脓杆菌中，而且广泛存在于假单胞菌属的其他细菌以及肺炎杆菌、大肠杆菌、霍乱弧菌等g-细菌中，是一种良好的交叉保护抗原。二是脂多糖，与特异性有密切关系。
绿脓杆菌能产生多种与毒力有关的物质，如内毒素、外毒素a、弹性蛋白酶、胶原酶、胰肽酶等，其中以外毒素a最为重要。绿脓杆菌外毒素a为一种热不稳定的单链多肽，分子量约66，000，经甲醛或戊二醛处理可脱毒为类毒素，并被特异性抗毒素中和。毒性强，注入动物后，主要靶器官肝脏可出现细胞肿胀、脂肪变性及坏死；其他脏器病变有肺出血和肾脏坏死。外毒素a机理与白喉毒素有些类似，即最终使核糖体上延长因子2（ef～2）失活，抑制宿主细胞的蛋白质合成，但具体过程不同。此外，外毒素a和白喉毒素在蛋白质结构、免疫原性、鞭细胞和敏感动物等方面均有差异。
绿脓杆菌感染可发生在人体任何部位和组织、常见于烧伤或创伤部位、中耳、角膜、尿道和呼吸道。也可引起心内膜炎、胃肠炎、脓胸甚至败血症。患者感染后可产生特异性抗体，有一定的抗感染作用。应用抗绿脓杆菌免疫力血清可降低病人继发败血症的发生率和病死率。
标本可取创面渗出物、脓汁、尿、血等。分离培养，根据菌落特征、色素以及生化反应予以鉴定。必要时可用血清学试验确诊。
部分人群体内绿脓杆菌滋生会使尿液呈绿色。
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