囊肿性纤维化患者须每天接受胸肺物理治疗─―用力按摩胸腔表面以减低黏液的黏稠度。医护人员会教导囊肿性纤维化病童的父母怎样做。年纪较长的儿童和成年人则须学习怎样自己进行物理治疗。
囊肿性纤维化患者如有任何胸肺感染，必须立刻以抗生素治疗。大部分患者须在进食正餐或零食时一并服食胶囊药物，以补充身体缺乏的胰脏酶，令身体能有效地消化食物。
除此之外，还有其他可行的疗法，适合不同的患者，例如：
每日口服或吸入抗生素，以防止肺部受到感染接受吸入性抗哮喘治疗使用皮质类固醇片剂使用一种名为pulmozyme的药物，减低唾液的黏稠度用药物改善便秘情况，或令补充酶的化学物质更活跃为患有囊肿性纤维化的糖尿病患者注射胰岛素用药物治疗由囊肿性纤维化引起的肝病为患者提供充足氧气，帮助呼吸帮助患有囊肿性纤维化的男性克服不育问题
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