男生殖系统结核的病理和一般结核病相似，结核结节、干酪坏死、空洞、纤维化等，但极少有钙化。前列腺结核脓肿向尿道破溃，整个后尿道呈空洞状，边缘不规则。 前列腺精囊纤维化以后成为坚硬肿块，其分泌功能极度减少，严重时精液仅1—2滴脓性液体。 输精管结核浸润时粗硬，
可呈串珠状，管腔堵塞。附睾结核常起始于尾部，一方面经输精管蔓延病灶先至尾部停留，另一方面尾部血运丰富，也容易血行感染。睾丸结核大多数由附睾结核扩展所致，常与附睾病变相邻，有时也可呈粟粒样结节。附睾结核常侵犯鞘膜和阴囊壁，脓肿破溃成经久不愈的窦道。
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