Cpn在Hela229中培养，其外形极像鹦鹉热衣原体（Cps），但碘染色阴性且不挤压细胞核。既往认为电镜观察Cpn，其明显特征为其外形为梨形，平均直径为380nm，其长轴为440nm，短轴为310nm。姬姆萨染色法可着色，革兰氏染色不着色。核区和细胞膜之间有较宽的原生质区。而Cps和沙眼衣原体（CT）均为圆形。CP菌株YK-41、10L-207及K6菌株也被证实为圆形。现认为，Cpn、CT和Cps的包涵体凸面有很多颗粒呈六角形排列，用激光束转换的方法研究Cpn的原体外形发现，其表面的六角形结构有相似的周期性，在Cpn原体的复制繁殖过程中，普遍存在线粒体与包涵体并不相关现象，具体机制有待阐明。
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