人的临床症状
人隐孢子虫病的病情与宿主免疫功能有关。免疫功能正常时，主要表现为急性胃肠荧症状排带黏液的水样便，有的伴有明显腹痛，此外，尚有恶心、呕吐、低热及厌食。水泻1周即可恢复。当免疫功能抑制时，则表现为慢性腹泻，水泻难以控制，病程可长达数月，并伴有呕吐、上腹痉挛、体重减轻等。儿童患者还表现为生长迟缓和发育不良，此类患者从类便持续排出大量卵囊，部分患者可表现为胆囊炎，出现上腹部疼痛、恶心、呕吐，同时伴有严重肠炎。值得注意的是，隐孢子虫是艾滋病病人合并肠道感染的常见病原体，感染后常常危及患者生命。
动物发病表现
各种动物，尤其是新生或幼龄动物，对隐孢子虫呈高度易感性，但并非所有感染都引起急性发病。正常机体，常呈自限性或亚临床感染或无症状感染，但在免疫功能低下或受损患者，其可迅速繁殖，使病情恶化，成为死因。犊牛感染时呈暴发式流行，表现为一种轻度至重度的腹泻，严重时厌食，脱水，死亡。绵羊羔发病常在7~10日龄，甚至4~5日龄的小绵羊羔，病程7d，康复后的盖羊常复发，病情严重者则在发病后2~3d后死亡.发病率为37%~83%，死亡率为2%~40%。禽类主要是鸡、鸭，表现症状为精神沉郁、张口呼吸，伸颈、胸腹起伏明显，气喘、咳嗽、腹泻、重者饮食欲废绝，发病后2~3d内死亡。
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