口蹄疫病毒有O、A、C、SAT1、SAT2、SAT3（即南非1、2、3型）和Asia1（亚洲1型）7个血清型。各型之间几乎没有免疫保护力,感染了一型口蹄疫的动物仍可感染另一型口蹄疫病毒而发病。
FMDV属于小RNA病毒科（Picornaviridae）口疮病毒属（Aphthovirus）,是偶蹄类动物高度传染性疾病（口蹄疫）的病原。在病毒的中心为一条单链的正链RNA,由大约8000个碱基组成,是感染和遗传的基础；周围包裹着蛋白质决定了病毒的抗原性、免疫性和血清学反应能力；
病毒外壳为对称的20面体。
FMDV的免疫是依赖T细胞的B细胞应答,疫苗接种主要诱导中和抗体的产生。
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