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简化基因组方法是一种利用酶切技术、序列捕获芯片技术或其他实验手段降低物种基因组复杂程度，进而研究基因组各类遗传结构性变异的技术手段。目前常见的简化基因组技术包括RAD（Restriction site Associated DNA）和GBS（Genotyping By Sequencing）。这些技术都可以在极短的时间内开发出成千上万的SNP 标记，而分子标记是开展遗传作图、关联分析、群体遗传分析以及生态多样性分析等的基础，所以利用简化基因组技术开展科研工作是当前第二代测序技术的一种热门应用。
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