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异常B细胞识别自身抗原，并分泌攻击自身组分的抗体时，可能导致自身免疫病。与B细胞异常相关的自身免疫病包括硬皮病、多发性硬化、系统性红斑狼疮、1型糖尿病和类风湿性关节炎。
B细胞及其前体的恶性转化可以引发癌症，包括B细胞慢性淋巴细胞白血病、急性淋巴性白血病、毛细胞白血病、滤泡性淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤。浆细胞的恶性病变则包括多发性骨髓瘤、华氏巨球蛋白血症、以及某些形式的淀粉样变性。
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