和传统抗体相比，纳米抗体并非仅以小取胜，它有着多方面的优势：
（1） 体积较小，仅为普通抗体的十分之一。因为体积小，它在动物组织体内的穿透力更强，比如，它可以通过人体的脑组织，可以达到高密度的肿瘤内部，这些都是普通抗体做不到的。纳米抗体的小体积优势，让人们可以通过它来治疗某些肿瘤或脑部疾病。
（2） 效能稳定。纳米抗体在体内不被自然分解的时间比普通抗体长，这意味着药效时间更持久。而且它适应的温度范围较广，在高达90°C的温度下仍能发挥作用，而传统的抗体在这样的状态下则会失活。即使是在极端pH值下它的表现也十分稳定，甚至能从人胃中通过而保持有效性。
（3） 抗原特异性好，且易于基因改造。纳米抗体能够识别独特的抗原构造表位，比普通抗体具有更广泛的抗原结合能力，并且方便人工改造以获得对抗不同病原的抗体。纳米抗体能够很容易在微生物中进行合成，能在噬菌体、大肠杆菌、酵母等微生物中大量表达，易于大规模生产。
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