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HPLC只是分离的手段，如果保留时间太短，说明被分离物质在固定相上面的保留较差，就有可能与不保留的杂质混在一起而干扰待测物的测定，当然，这只是在使用UV、ELSD等特异性不是很强的检测器时的常见情况，但是如果使用荧光、质谱等特异性较强的检测器时，这种干扰会被大大降低或者排除。保留时间与使用的液相系统、流动相组成、流速、色谱柱类型等有关，对于常用的4.6内径，0.8-1.0流速的系统，使用UV检测器时，5分钟以内的色谱峰一般不用，尤其是复杂体系，当然这种情况也不是完全绝对的。
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