该酶以两种形式存在于酵母细胞膜的外侧和内侧, 在细胞膜外细胞壁中的称之为外蔗糖酶(external yeast invertase)，其活力占蔗糖酶活力的大部分，是含有50% ~70(质量分数) 糖成分的糖蛋白；
在细胞膜内侧细胞质中的称之为内蔗糖酶（internal yeast invertase），含有少量的糖。两种酶的蛋白质部分均为双亚基（二聚体）结构，2种形式的酶的氨基酸组成不同，外酶每个亚基比内酶多2种氨基酸——丝氨酸和蛋氨酸，它们的分子质量也不同，外酶约为270KD（或220KD, 与酵母的来源有关），内酶约为135KD。尽管这两种酶在组成上有较大的差别，但其底物专一性和动力学性质仍十分相似，但由于内酶含量很少，极难提取。
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