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嘧啶核苷酸的分解代谢是先去除磷酸和核糖生成嘧啶碱,嘧啶碱在肝内降解。
降解产物易溶于水,这点与嘌呤碱不同,嘌呤碱的代谢产物尿酸仅微溶于水。
嘧啶环中的脲基碳以形式从呼吸排出,并产生β-丙氨酸(有生理意义,为鹅肌肽、肌肽及泛酸的成分)及β-氨基异丁酸(经代谢进入三羧酸循环)。