一、含义不同：
必需氨基酸是指必须由饲料供给的氨基酸，即动物机体内不能合成，或者合成的速度慢、数量少，不能满足动物需要而必须由饲料供给的氨基酸。
非必需氨基酸是在动物体内能利用含氮物质和酮酸合成，或可由其他氨基酸转化代替，无需由饲料直接提供既可满足需要的氨基酸。
二、成分不同：
必需氨基酸对成人来说，这类氨基酸有8种，包括赖氨酸、蛋氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苏氨酸、缬氨酸、色氨酸和苯丙氨酸。对婴儿来说，组氨酸也是必需氨基酸。
非必需氨基酸对人来说非必需氨基酸为甘氨酸、丙氨酸、丝氨酸、天冬氨酸、谷氨酸（及其胺）、脯氨酸、精氨酸、组氨酸、酪氨酸、胱氨酸。
转运和分布
不同氨基酸存在不同的转运机制以维持不同的浓度梯度。必需氨基酸在细胞内外的梯度比非必需氨基酸低。氨基酸进出细胞的转运由膜结合蛋白来完成。氨基酸通过膜上载体的转运机制，不仅存在于肠粘膜细胞上，类似的作用也存在于肾小管细胞、肌肉细胞、脂肪细胞、白细胞、网织红细胞、成纤维细胞上，对于细胞内聚集氨基酸具有普遍意义。但是，在不同细胞中，载体的性质可能有所差异。
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