根据基因的位置和功能，主要组织相容性复合体分为三类，分别为MHC class I,MHC class II,MHC class III.
MHC class I（MHC I）：位于一般细胞表面上，可以提供一般细胞内的一些状况，比如该细胞遭受病毒感染，则将病毒外膜碎片之氨基酸链（peptide）透过MHC提示在细胞外侧，可以供杀手CD8+ T细胞等辨识，以进行扑杀。
MHC class Ⅱ（MHC Ⅱ）：大多位于抗原呈递细胞(APC上)，如巨噬细胞等。这类提供则是细胞外部的情况，像是组织中有细菌侵入，则巨噬细胞进行吞食后，把细菌碎片利用MHC提供给辅助T细胞，启动免疫反应。
MHC class Ⅲ (MHC Ⅲ) ：主要编码补体成分，肿瘤坏死因子（TNF），热休克蛋白70(HSP70)和21羟化酶基因（CYP21A和CYP21B)。
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