GPI锚定蛋白的C末端是通过乙醇胺磷酸盐桥接于核心聚糖上，该结构高度保守，另有一个磷脂结构将GPI锚连接在细胞膜上。核心聚糖可以被多种侧链所修饰，比如乙醇胺磷酸盐基团，甘露糖，半乳糖，唾液酸或者其他糖基。一些复杂的侧链结构如N-乙酰氨基半乳糖在哺乳动物和原虫中都发现。另外，像1,2-二酰基甘油，1-烷基-2酰基甘油，单酰基甘油以及神经酰胺都可作为GPI锚结构的类脂成分。而且某些GPI 锚定蛋白的酰基取代基也可能是功能结构的一部分。这些酰基基团通过抑制磷酸盐的形成来使GPI 锚不受PI-PLC（phosphat-idylinosito-l specific phospholipase C）的影响。葡糖胺核心极少被修饰，不过NETNES（克氏锥虫的一个糖蛋白）的GPI锚例外。
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