选择正负离子模式主要是根据化合物的性质，也就是看结构；而流动相环境影响分析的灵敏度。
比如含羧基，磺酸基的物质，一般肯定可以使用负离子模式，因为在一般情况下可以电离为R-COO-,和R-SO3-；在酸性的流动相中，如pH3以下，羧酸根可能就不好电离成负离子了，这时负离子监测的灵敏度下降，而磺酸根酸性较大，仍然可以电离。
而含氮的化合物碱性化合物，包括季氮化合物，一般采用正离子模式，R-NH3+,R2-NH2+,R3-NH+,R4-N+；这些化合物一般容易加和氢离子形成正电荷的离子；同样跟他们的碱性有关，季氮化合物是强碱，一般情况都可以正离子监测的；
两性化合物如氨基酸，有个等电点pH的，根据流动相pH不同选择模式。
一般酸性化合物流动相选pH大于pKa2.0以上，采用负离子模式；反之碱性化合物流动相选pH小于pKa2.0，采用正离子模式
我遇到的情况一般是正离子模式应用更多，一方面流动相由于色谱柱的性质一般偏向酸性（pH2-8），另一方面，普遍采用的ESI离子源是一种超软电离的离子源，在酸性条件下大部分极性较大的化合物都可以加和氢离子，形成正电离子，如没有氮的黄酮类，脂类，糖类等。
且负离子模式相应一般比正离子模式小一个数量级。
在优化质谱条件的时候正负离子都试试哈，看看相应值！~还有，看看样品的基质是否有干扰，看看基线高度和性噪比！
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