如果氨基酸序列已知，但是由于基因克隆或表达等原因得不到抗原蛋白，或者仅需要得到针对抗原蛋白某几个特定表位的抗体，就可以采用多肽合成的方式得到抗原。
例如仅需要生产针对蛋白质某个区域的特异抗体，比如研究蛋白质N端的前体物，可以设计N末端的多肽抗原。如果抗体的使用目的是识别修饰的氨基酸，如磷酸化的丝氨酸、苏氨酸或者酪氨酸，乙酰化赖氨酸等，就必须对多肽进行相应的修饰。
一般情况下抗血清能够识别用来免疫的多肽序列，但是不一定识别天然蛋白质的折叠结构。非连续性抗原的抗体能否识别抗原决定簇取决于用于抗体生产的多肽是否存在二级结构。
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