按照辅助因子和反应产物的不同可将亚硝酸还原酶分为四类：铜型亚硝酸还原酶（Cu-NiRs）；细胞色素cd1型亚硝酸还原酶（cd1NiRs）；多聚血红素c亚硝酸还原酶(cc NiRs)；铁氧化还原蛋白依赖的亚硝酸还原酶。
铜型亚硝酸还原酶是由三个相同亚基组成的三聚体蛋白。每个亚基都含有两种类型的铜原子活性中心，即类型I（T1Cu）和类型II（T2Cu）。
细胞色素cd1型亚硝酸还原酶是可溶的同株异核生殖蛋白，是一个包含两个相同亚基（60kDa）的二聚体。每个亚基都包含一个细胞色素C和一个细胞色素d1。cd1NiRs催化NO2生成NO。
铁氧化还原蛋白依赖的亚硝酸还原酶主要存在于光合生物中，比如植物、藻类和蓝细菌。蛋白是由三个结构域组成的球状蛋白，三个结构域中间包含siroheme和Fe-S簇（4Fe-4S）两个辅基。
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