相对分子质量为94的Taq DNA聚合酶的活性较高,大约为200000 U/mg,在合成DNA时有一个较高的最适温度75~80℃。Taq DNA聚合酶虽然在90℃以上合成DNA的能力有限,但高温时仍比较稳定。有实验证明,在92.5℃、95℃和97.5℃时,PCR混合物中的Taq DNA聚合酶分别经130 min、40 min和5~6 min后,仍可保持50%左右的活性,其半衰期较长。所以,在一个PCR预备试验中,每次循环时上限温度为95℃处理20S,则循环50次后Taq DNA聚合酶仍可保持65%的活性,能够保证实验的需要。
Taq DNA聚合酶具有很高的加工合成特性,在最适反应温度时,dNTP的掺入速度为35~100 nt/(s.酶分子),最长扩增长度可达7.6 kb。在低温条件下,Taq DNA聚合酶的活性明显降低,导致此酶在模板内局部二级结构区域的延伸能力受阻或前进速率常数与解离常数的比值发生改变。在较高的温度(95℃以上)时,很少有DNA合成;在体外,DNA在较高温度时的合成速度受到引物或引物链与模板链双链结构稳定性的限制。
由于Taq DNA聚合酶的最适反应温度高达75~80℃,故退火温度和延伸温度均可适当提高,这限制了非特异性扩增产物的出现,增加了PCR反应的特异性。