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四种碱基的性质和各自保护基的性质都有差别。所以引物设计后合成难度是不一样的。难度最大的当属GC重复多的和序列中还有多个连续的G的引物。尤其对于后者，一般公司都做不了20个G以上的引物。
实验证明，如果引物中有超过三个连续G的结构，传统方法得到的产物质量就会开始下降。而且目前通用的脱盐、OPC和PAGE方法都无效。
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