一段基因的DNA序列，一般按从5’到3’的方向分别为：5’非编码区（图中黑色）、外显子（Exon，图中红色）与内含子（intron，图中浅蓝色）区、3’非编码区（图中黑色）等。而在从DNA转录到mRNA的过程中，其中的内含子会被剪切掉、而外显子区再次重新连接起来，最终形成的序列就是mRNA序列了。
但是要注意的是：剪切——重组合的方式并不是唯一的。有时所有的外显子会按原来的次序依次连接，但有时也会跳过某几段、余下的几个连接，这样最终得到的mRNA序列往往会有不同的版本。下图中，由同一段DNA序列就得到了4个不同的mRNA序列。这种情况我们一般称之为“不同剪切”，或者“不同转录本”，即transcript variant。每个转录本的序列可能不同，长度也不同。见下图。
一个基因的每个转录本都有唯一的编号。比如以人的insulin like growth factor 1（IGF1）基因为例，我们在NCBI中查找，会发现它有下面这么多的转录本。见下图：
我们会发现有些编号是NM开头，有些则是XM开头。理论上每一个序列都可能存在。
但这里有个小窍门：一般研究得比较多的、资料比较成熟的转录本，往往是NM字头，同时它所对应的氨基酸序列是NP字头（见上图）。而另有些XM字头的转录本，一般是仅在理论上存在、但实际上研究不多，而且其对应的氨基酸序列也是XP字头。如果你不确定到底选哪一个的话，选NM字头的转录本一般不会错。
如果你要继续深入一步，“想设计一对引物能检测到这个基因所有的转录本”，这时你就要把所有转录本的序列一个不落的都查到，放在一起做比对，找到所有序列的共有区域（同源性100%），在这个区域内设计引物。这样所有的转录本都能被这一对引物PCR检测到。
或者你的目的是“想设计一对引物只检测其中某一个转录本而不检测到其他转录本”，这时你也要按上述方法，不同的是要选择所有序列同源性最低的区域，针对你想要的那个转录本的序列设计引物，这样能保证这对引物只能匹配到你想要的那个转录本，而不会匹配到其他任何一个转录本。
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