包涵体肝炎的病理变化主要集中在肝脏和十二指肠，即肝脏呈现急性变质性炎和出血性炎症变化，在高度变性的肝细胞核内可出现嗜碱性或嗜酸性包涵体；十二指肠呈现急性出血性炎症变化，并以局灶性出血为特征。肝脏及十二指肠的上述变化具有示病意义。
（一）禽脑脊肺炎 特征性病变是脑和脊髓发生化脓性炎症变化，肉眼无法识别，必须做组织学检查才能发现。
（二）传染性法氏囊病 包涵体肝炎常发生于患过传染性法氏囊病的鸡群，肌肉出血及法氏囊萎缩不易区分，但包涵体肝炎的肝脏变化及包涵体较特异。
（三）传染性贫血 病鸡表现贫血，发育不良，胸腺及法氏囊萎缩，骨髓褪色，为黄色化。肝脏褪色、肿大，全身出血见于明显贫血的雏鸡。有时可见肝脏网眼状坏死。
（四）脂肪肝综合征 由饲喂高脂肪、低蛋白质饲料而引起的一种营养代谢病，没有传染性，多发生于营养良好的大鸡，一般是零星发生。死后剖检常见肝、肾变黄，肝包膜下出血，肝细胞无核内包涵体。
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