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PCR也可以用于检测一个生物中是否存在某特定DNA序列，这被称为基因型鉴定。例如，基因型鉴定可通过发现样品中是否存在某种群特异性序列来判断样本的真实性。基因型鉴定还可用于法医分析判断在现场发现的DNA样品是否和嫌疑人的吻合，令凶手无处遁形。
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