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然而,我们今天知道基因的行为和结构是非常复杂,而且RNA存在转录后加工,肽链也存在翻译后加工,一个顺反子未必对应一种蛋白质(必然属于结构基因,但未必是一个完整基因),一个基因也不再对应一个酶或一个蛋白质,而是分为结构基因(转录出RNA或进一步翻译出肽链)、非结构基因(调节功能)。所以顺反子只有在特定情况下才可能刚好也是一个基因。
也存在两个基因才构成一个顺反子的情况(基因互作,极性突变)。
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