黄曲霉毒素还具有致突变、致畸作用，主要体现在抑制蛋白质的合成，影响RNA转录；还可损伤免疫系统，使胸腺发育不良，淋巴细胞减少。黄曲霉毒素非常耐热，只有通过长时间高温(100-120℃）作用，如高压消毒和锻烧才能使其大部分失活。在一般情况下，巴氏消毒法或烘烤面包的热度并不足以使黄曲霉毒素完全灭活。这些毒素对强酸和强碱较敏感。因此，在提炼油时，用氢氧化钠萃取游离脂肪酸的工艺可以进一步破坏毒素的活性。尽管黄曲霉毒素的毒性很强，但必须一次性摄入含有大量黄曲霉毒素的霉变食品才会发生急性中毒疾病。对于人类，多见由于持续性摄入亚急性量而造成慢性中毒的情况，例如引起肝硬变和肝脏纤维样病变。不仅霉变食品，那些在运输过程中污染灰尘而霉变的粮食和花生中也可能带有黄曲霉毒素而危害人类。毒素在肝脏、心肌和肌肉中逐渐积累而增强它的毒性。对肝脏的直接损伤可能导致基因畸变（畸胎或死胎），但大量的动物（鼠类、鸟类和鱼类）试验结果证明，它们有很强的致癌性，主要是诱发肝癌。有人认为还会诱发肾癌。黄曲霉毒素的致癌性与其它致癌物如二甲基亚硝胺的作用有明显的关系。对人类而言，黄曲霉毒素作用的靶器官是肝脏。如果长期食用含有微量黄曲霉毒素的食物，可在人体内累积，导致肝癌，严重者可致死亡。
黄曲霉毒素B1的分子结构中二呋喃环上具有双键，在此种双键部位形成的8，9-环氧黄曲霉毒素，对黄曲霉毒素B1的致癌作用极为重要，是黄曲霉毒素中致癌性最强的毒素。其致癌机理是：由于其末端呋喃环上有一个双键，经肝或其他器官的微粒体酶作用，双键发生环氧化，并导致产生锚离子，形成亲电子的终致癌物，并在核酸碱基鸟嘌呤的N-7位上反应，使DNA损伤，导致基因的结构和功能发生改变，由此可导致癌基因活化而致癌。在各种黄曲霉毒素中二呋喃环上具有双键的黄曲霉毒素B1、M1和G1，也容易发生环氧化反应，形成黄曲霉毒素8，9-环氧衍生物，其致癌作用较强；而不具有二呋喃环上双键的黄曲霉毒素B2、G2，其致癌作用较弱，一般毒性也较低 。
黄曲霉是土传霉菌之一 ，由于没有宿主特异性， 所以它不仅能够侵害污染单子叶和双子叶植物， 还能侵害地上和地下植物的种子，其中小麦、玉米、大米、花生被污染最多。另外，黄曲霉菌在饲料中能消耗大量的营养物质，释放能量，加速饲料中的脂肪变质，破坏蛋白质、泛酸、烟酸、维生素 A、维生素 D、 维生素 E 等成分， 降低饲料的营养价值。
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