1 核酸疫苗是近年发展的一种核酸介导的免疫接种疫苗，其本质是含有病原体抗原基因的真核表达载体当它被导入机体后，可被机体细胞所摄取并表达病原体的抗原蛋白，从而诱发机体对该蛋白的免疫反应。随着导入途径和部位的不同可引发全身或局部的免疫反应。在全身性的免疫应答反应中，既可激活体液免疫，也可诱发细胞免疫。
2 核酸疫苗可以引发全面的免疫应答
当带有高效表达调控序列的保护性抗原基因导入动物体细胞（任何有核细胞）后，只有少量被细胞摄取而进入细胞核，在载体上的启动子调控下，转录出抗原基因mRNA，后者进入胞浆而转译出相应的抗原蛋白。
抗原呈几种方式而呈递到免疫系统：①抗原在细胞内经加工后与MHCI分子结合呈递到细胞表面，刺激细胞毒性T淋巴细胞（CTL）；②蛋白质从细胞中释放出来与B细胞受体结合，刺激B细胞；③部分释放出的蛋白质被抗原呈递细胞所吸收、降解，然后与MHCII分子结合后刺激辅助性T细胞，最终引发了免疫系统的响应。免疫系统的响应程度，它与不同的免疫部位、细胞的表达程度和是否增加免疫调节基因有关。
3 核酸疫苗还可诱发局部的免疫应答和免疫记忆
如果用基因枪将包裹有核酸疫苗的金颗粒导入粘膜下，即可能被粘膜下丰富的粘膜相关淋巴组织中的淋巴细胞或粘膜上皮细胞摄取并表达，产生的抗原蛋白也很容易被局部丰富的抗原提呈细胞（APC）识别、摄取、加工并提呈给TH细胞，进一步激活局部淋巴滤泡中的B细胞分化为浆细胞和Bm细胞，后者产生免疫记忆，前者可合成IgA，且两个IgA单体有J链连接在一起，通过粘膜时，由粘膜上皮细胞产生的分泌片与双体IgA连接，组成稳定的分泌型IgA随粘膜分泌液一起排出细胞，分布于粘膜表面，在粘膜局部防御感染中起十分重要的作用。
4 近年来发现细菌DNA本身也是一种免疫佐剂，可有效地激活免疫效应细胞
介导这一作用是一类具有特征性的短核苷酸序列，被称为免疫刺激DNA序列。ISS的发现以及对其生物学功能研究的不断深入，扩展了人们对DNA生物学的新认识。有学者认为，对ISS的研究有望提供一种高效、低毒、适用于人类及动物的新型佐剂。
5 还有人认为DNA免疫时，肌细胞和抗原提呈细胞（APC）均被转染，引起CD4+、CD8+T细胞亚群的同时活化，产生了特异性免疫应答。肌肉细胞如何吸收质粒DNA，机制尚不明确。有人提示可能与骨骼肌纤维有丰富的含多处内折的T小管系统有关，其独特的解剖结构有助于质粒DNA的吸收。
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