PTP-1B广泛存在于脂肪细胞、肝组织细胞、肌组织细胞和上皮细胞多个组织中。荧光免疫原位杂交法表明，PTP-1B主要定位于胞浆内质网组织中，以C末端的35个特异性氨基酸与内质网结合，其N末端含有半胱氨酸和精氨酸残基，精氨酸残基的催化中心朝向胞浆。
PTP-1B含有一段240个氨基酸残基所组成的催化域，其中71个氨基酸残基是高度保守的，催化活性中心是由11个氨基酸残基所组成的序列，即（I/V）HCXAGXXR（S/T）G，其中半胱氨酸残基（Cys215）和精氨酸残基（Ary221）对PTP-1B酶的活性起着至关重要的作用，若被取代将使酶丧失催化活性。
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