对于人体免疫系统的功能，主要是机体出现病原微生物如细菌、病毒、真菌等感染时，免疫系统产生激活并将上述病原微生物排出体外过程。免疫系统主要通过建立人体的免疫屏障，将侵袭人体系统的不良微生物、病原菌排出体外，是免疫系统最突出的临床作用与功效。对于正常成年人，人体免疫系统的最主要功效是将人体感染控制在平衡状态，尽量避免人体出现明显感染。
免疫系统激活时，能保证人体主要脏器如消化道、呼吸系统、循环系统以及神经系统脏器，在正常神经、体液、内分泌等免疫功能的保护屏障内，不会受到明显感染与侵袭。并保持人体内环境处于稳态，不会有典型电解质紊乱、酸碱失衡，或出现严重内分泌失调，以上均为人体免疫系统功能启动免疫应答后的免疫状态。
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