由于发病部位和病程不同，致骨EG的影像学表现存在多样性和易变性，给鉴别诊断带来很大困难；且发生于不同部位的EGB需与之鉴别的疾病也存在一定差异。主要应与以下与之相同好发年龄的骨内病变相鉴别：
1.尤文氏肉瘤。骨EG影像学骨质改变虽似尤文氏肉瘤，但临床症状轻微，仅有局部轻度疼痛，无尤文氏肉瘤发热、白细胞增多等全身症状，也无骨针形成，与尤文氏肉瘤不符，因此，诊断时应密切联系临床，避免误诊。
2.骨肉瘤。多呈溶骨性骨质破坏，边缘无硬化，皮质多中断，可伴瘤骨及骨膜反应，可形成Codman三角，多伴软组织肿块形成。
3.骨纤维结构不良。多呈囊状溶骨性骨质破坏，可见磨玻璃影改变，边缘多清晰、硬化，可膨胀改变，无骨膜反应及周围骨质水肿、软组织肿胀。
4.结核。椎体结核多呈椎体骨质溶骨性破坏，多不伴硬化，椎间盘破坏椎间隙狭窄，可见椎旁冷脓肿。
5.慢性骨髓炎症。骨皮质增厚、髓腔狭窄并伴骨质破坏及周围软组织肿胀，临床有相应的慢性炎症病史。
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