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DNA疫苗尚未得到广泛的应用，除了因为它是一种新事物，不大为人所了解之外，它本身的安全问题则是人们对它 的最大顾虑。DNA疫苗存在的问题如下：
外源DNA进入机体后是否整合到宿主基因组，导致癌基因激活或抑癌基因失活。
疫苗DNA长期在体内表达是否会诱导机体产生免疫耐受，长远来说，导致机体免疫功能低下。
疫苗DNA 作为一种外来物质，是否会引起机体产生抗DNA抗体。
DNA疫苗诱导的CTL反应是否会对其他细胞产生杀伤作用。
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