主要原因是操作不规范，化学性损伤，细菌性（包括衣原体）感染，病毒性感染.化学性结膜炎一般继发于为预防眼病滴入硝酸银的刺激；衣原体性眼炎是由分娩过程中获得的沙眼衣原体引起.2%~4%的活产婴儿发病，占<4周新生儿结膜炎的30%~50%.母亲流行性衣原体感染率为2%~20%，这些母亲的新生儿约有30%~40%发生结膜炎，10%~20%发生肺炎；其他细菌感染，包括肺炎链球菌和非典型性流感嗜血杆菌引起的占新生儿结膜炎的15%.在美国，淋球菌性新生儿结膜炎（由于淋球菌引起的新生儿结膜炎）的发病率为活产婴儿的2/10000~3/10000，分离得到的细菌除了流感嗜血杆菌和淋球菌外，还包括金黄色葡萄球菌，常常代表定植而不是感染；引起新生儿结膜炎的病毒主要有单纯疱疹病毒Ⅰ型和Ⅱ型（疱疹性角膜炎）.
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