至少有1/2受衣原体眼炎感染的新生儿同时有鼻咽部感染，部分新生儿发生衣原体肺炎，因此全身性治疗是最佳选择.推荐使用琥乙酯红霉素50mg/(kg.d），分成每6小时或每8小时用1次，共治疗2周.
淋球菌眼病患儿应住院治疗，给予肌注头孢三嗪25~50mg/kg；单次最大剂量为125mg（也可使用100mg/kg).用生理盐水反复冲洗眼睛可防止分泌物粘附.单独使用表层抗微生物软膏是不够的.如果全身已用抗生素，局部可不再用药.
其他细菌引起的结膜炎通常对含有多粘菌素加杆菌肽，红霉素，四环素的表层眼膏是有作用的.
疱疹性角膜结膜炎的治疗方案是全身性用阿昔洛韦（每日30mg/kg，分3次，共用14~21日；早产儿每日用20mg/kg，分2次）和局部用三氟胸苷眼药水或软膏或3%阿糖腺苷软膏，在婴儿醒时每2~3小时用1次，并在睡眠时联合使用碘苷软膏.对新生儿全身性治疗是必要的，因为感染可播及中枢神经系统和其他器官.
由于软膏中含有皮质类固醇，可使沙眼衣原体和单纯疱疹病毒引起的眼睛严重感染恶化，应避免使用这种软膏.
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