芋螺毒素是所发现的翻译后加工最为复杂的生物多肽。成熟毒素段的高度翻译后修饰则是芋螺毒素多样性的另一个重要途径。蛋白前体中有一个可由翻译后修饰酶类识别的特殊信号肽段。多种翻译后修饰过程进一步生成更多新序列的芋螺毒素分子。常见的有谷氨酸γ-羧基化、脯氨酸羟基化、C末端酰胺化，此外还有一些罕见的修饰，例如丝氨酸和苏氨酸的糖基化、溴代色氨酸、D型氨基酸、酪氨酸磺基化等。

　　CTx中A-超家族芋螺毒素中最常见的加工方式是C端的酰胺化和脯氨酸的羟基化；另一种翻译后修饰方式是L-氨基的氨基酸的差向异构化作用，将色氨酸或亮氨酸转换成D-型，则可以提高其对某类亚型受体的特异性。同时发现了一些其他的修饰，如Ser糖基化及Tyr的磺基化等。芋螺毒素分子的翻译后修饰的重要作用在于可使单一基因生成结构不同的多类肽分子结构，大大增加了芋螺毒素分子的多样性。通过翻译后修饰也可以生成不同于母体分子结构的新肽分子模体，提高对靶位分子的识别能力与专一性，同时这些结构变化也常能提高芋螺毒素对蛋白酶的抗性。另一些翻译后修饰的重要作用是改变其物理化学性质，如丝氨酸和苏氨酸的羟基的O-糖基化作用可增加毒素分子的稳定性以及与膜转运分子的亲和性，苯丙氨酸的卤化作用可以增加分子的脂溶性，使之易于透过血脑屏障，进入中枢神经系统。动物实验研究表明，达到同样的活性需要的剂量未糖基化的比糖基化的高10倍，显然O-糖基化增加了毒素的效率。这些氨基酸的修饰与加工均需要特定的酶，同时也需要相应的识别序列或者特征结构，对芋螺毒素而言，对其结构与功能至关重要的可能是蛋白质二硫键异构酶（protein disulfide isomerase，PDI）。