在第Ⅱ类内含子中大部分开放读框都具有一个与反转录转座子相关的区域（除核酸内切酶编码区之外）。这种类型的内含子在低等真核生物和某些细菌中都有发现。反转录酶对于内含子来说是特异的，而且和归巢有关。反转录酶以初始mRNA为模板合成内含子的DNA拷贝，通过采用与反转录病毒相似的机制使内含子插入到靶位点中。和这种情况有关的此种类型的反转录转座子与失去LTRs的一组反转录子是相似的。在靶位点产生缺口，形成的3′-OH对于引发来说是需要的。
第Ⅱ类内含子归巢的例子与前面介绍的反转录转座子转座的机制相似，内切酶在靶位点的双链DNA上切一切口，在缺口上产生了3’末端为反转录酶提供了引物。内含子RNA为cDNA的合成提供了模板。由于此RNA含有内含子两侧的外显子的序列，所以此cDNA要比内含子本身长，它能跨越双链切口，结果是使内含子插入到靶位点。
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