转座因子大致分为三类：
（1）插入序列 , 这是一类除了和它的转座作用有关的基因以外不带有任何其他基因的转座因子。它们是较小的转座因子，可以在染色体、质粒上发现它们。F因子和大肠杆菌的染色体上有一些相同的插入序列（IS） ，现已搞清至少有五种DNA插入序列，它既可独立地，也可以作为其他转座因子的一个部分存在于某些细菌的染色体和质粒上。
（2）转座子，以Tn表示，首先在质体中发现了这种转座子。转座子的分子两端有相同的序列，如果它们的方向相反，则称为反向重复顺序IR，某些转座子的IR便是已知的侣因子，这些IR既可以作为Tn的一个部分而转座，也可以单独转座。转座子除含有与转座有关的基因和核昔酸序列外，还含有一些其它的基因。
（3）转座噬菌体、温和噬菌体既能以自主的自我复制颗粒而存在，也可以插入延续的细菌染色体而与其一起复制，宛如附加的细菌基因群。最著名的温和噬菌体是入，久也浸染大肠杆菌，它既可以像烈性噬菌体一样裂解寄主细胞释放出几百个成熟的噬菌体，也可以成为原噬菌体和寄主染色体之间呈半永久联合，当细菌染色体复制时入噬菌体也跟着一起复制。1953年发现，在大肠杆菌敏感菌体和溶源性菌株间的F十又F一杂交中，入原噬菌体和细菌gal基因一起分离。1955年证明入原噬菌体和gal可被噬菌体lP共同转导。1956年发现了入对gal的限制性转导。这些研究表明入噬菌体具有转座子的性质。另外大肠杆菌的噬菌体Mu，可以引起肠菌的几乎任何一个基因发生插入突变，所以它也具有转座因子的特性。
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