由于 M13 噬菌体通过 F 质粒编码的性纤毛进入宿主细胞内，故只能用雄性细菌来增殖病毒。 Messing 及其同事已经构建了许多携带 F' 质粒并便于 M13 载体进行基因操作的多种大肠杆菌菌株，其中最重要的遗传标志有：
（1） lacZ D Ml5 lacZ 基因缺失突变体。
（2） D（lac-proAB）lac 基因缺失突变体。
（3） lacIq lacI 基因的突变体。
（4） proAB 细菌染色体上脯氨酸生物合成酶类的编码区域。
（5） traD36 抑制 F' 因子接合转移的突变。
（6） hsdRl7 与 hsdR 4 对大肠杆菌 K 株 Ⅰ 类限制 -修饰系统失去限制活性但仍保留修饰功能的突变体。
（7） recA1 大肠杆菌重组酶基因。
（8） supE 琥珀抑制基因。
在 M13 噬菌体载体中进行克隆时常用的宿主菌株如下。
JM101 supE D （lac-proAB）[F'traD 36 proAB + lac I q lacZ D M15]
JM105 JM101/ hsdR 4
JM107 JM101/ hsdR 17
JM109 JM101/ hsdR 17 recA1
TG1 JM101/ hsd D5（不修饰不限制）
XL1-Blue supE lac -hsdR 17 recA1 [F' proAB + lac I q lacZ D M15]Tn 10 （Tet r）
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