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鼠斑疹伤寒主要与流行性斑疹伤寒鉴别，其病原体为普氏立克次体，传染源为患者，以体虱为媒介，多发于冬春季，呈流行性。症状与地方斑疹伤寒相似，但病情较重，皮疹多，出血性多见，神经系统症状明显，普氏立克次体凝集反应阳性。本病还需与流感、恙虫病、钩端螺旋体病等区别。
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