(1)包囊(铁苏木素染色)：在油镜下观察，包囊圆形，直径5～20凹·，囊壁清晰，核染成蓝黑色，圆形，1～4个，核仁细小，多位于中央，核周染粒大小均匀，排列整齐，核的特征在鉴别种类上有重要意义。胞质中，糖原在染色过程中微溶解而成为糖原泡。在未成熟包囊中可见到拟染色体，为黑色棒状，两端钝圆，常成对存在。
(2)包囊(玻片碘染色)：在高倍镜下观察，经碘液染色包囊呈黄色，核和拟染色体均可见但不着色，包囊内有糖原块时，糖原块被染成棕黄色，中央色深而外周逐渐变淡。包囊应具有如下特征：
①有一定的大小，原虫是单细胞动物因此都很小；
②有一定的形态，如溶组织内阿米巴包囊和结肠内阿米巴包囊为圆形，而蓝氏贾第鞭毛虫包囊为椭圆形；
③溶组织内阿米巴包囊的核为1～4个，囊内还可以看见有折光性的两端钝圆棒状的拟染色体，结肠内阿米巴包囊的核为1～8个。观察包囊时要注意与酵母菌和脂肪滴区别，人酵母菌形态大小不同，内有较大空泡。脂肪滴的反光性强，不着色，内无任何结构。
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