HIV耐药性是指病毒对某种药物敏感性降低，在某些核酸类药物抑制下，病毒可通过自身基因突变获得对这些药物的抗药性，而当有抗药性的病原微生物再传染他人时，即可对这些药物产生抗药性。由于HIV繁殖存在错误率高的逆转录这一独特的复制过程，因此在药物治疗中也最易出现耐药性。当前，HIV耐药株已成为医学界面临的一个新挑战。

　　HIV耐药检测可用于HIV感染的辅助诊断、病程监控、指导治疗方案及疗效判定、预测疾病进展等。传统的基因型检测方法是将HIV病毒的Pol基因区(蛋白酶区和逆转录酶区)序列进行反转录扩增，通过Sanger测序技术获得序列信息，与全球HIV耐药基因数据对比分析耐药位点，得到耐药结果。这种检测方法只能看到高于20%含量的耐药位点突变情况，而且不能进行定量检测。

　　近期，有研究者们利用GS Junior平台一次性检测10个HIV临床样本，这些病人之前用传统技术诊断过，有9名发生了耐药突变，另外11名没有发生耐药突变。结果在11人中的6人检测结果里发现了新的低频耐药突变，发现的低频耐药突变种类高达50种。

　　该研究充分说明，利用454深度测序技术可以达到传统检测方法无法检测的灵敏度，除了可以进行定量检测耐药位点突变情况外，还可检测低至1%的突变情况，从而为HIV治疗提供了更加准确的信息。该研究成果也发表在2013年1月的《临床微生物学》杂志上。