按使用的细胞性质不同克隆可分为：
①胚性克隆：用未分化的胚胎进行胚胎细胞核移植、胚胎干细胞核移植、胚胎成纤维细胞核移植、胚胎分割或胚胎嵌合等操作培育出新个体。
②无性克隆 用已分化的体细胞进行核移植培育出新个体，亦称体细胞克隆。当前谈论的克隆多指体细胞克隆。
根据供核体细胞的不同，动物克隆又可分为两种类型： ①同种体细胞克隆 用相同物种体细胞进行核移植；
②异种体细胞克隆 将一种动物的体细胞核移植到另一种动物的去核（遗传物质）卵母细胞中。
按研究目的不同，克隆可分为生殖性克隆与治疗性克隆；生殖性克隆指无性繁殖新个体，治疗性克隆指用克隆技术培育出某些组织器官用于医疗。
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