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同位素标记的探针通常有很高的放射比活性,杂交的灵敏度高,但使用期限短,且有放射性危害,污染物处置困难,需要特殊的仪器和设备,不适用于普通实验室。近年来非同位素标记法得到很大发展,如酶促标记法(如生物素、地高辛标记法)和化学标记法(如荧光生物素、酶标记法)。
非同位素标记的探针保存时间较长、避免了同位素的污染,但不及同位素标记探针敏感。