1.病原体检查
新鲜腹泻便中可发现滋养体，糊状便和成形便中多为包囊，粪便直接生理盐水涂片即可找到滋养体；以碘液染色后可使包囊易于识别，硫酸锌漂浮法等浓缩法可提高包囊检出率，粪便检查应三送三检，三检阳性率可提高到97%，十二指肠引流物，小肠黏液或活检组织均可查到虫体。
2.免疫学试验
可分为检测血清内抗体和粪抗原两类。
（1）检测抗体 自从蓝氏贾第鞭毛虫纯培养成功后，由于高纯度抗原制备已成可能，故大大提高了免疫诊断的灵敏性与特异性，我国已建立两株蓝氏贾第鞭毛虫培养，为国内开展免疫诊断提供了条件，酶联免疫吸附试验（ELISA）和间接荧光抗体试验（IFA）检查患者血清抗体。
（2）检测抗原 可用酶联免疫试验（双夹心法），斑点酶联免疫吸附试验（Dot-ELISA），对流免疫电泳（CIE）等检测粪稀释液中的抗原，检测粪抗原不但可用于诊断，也可以观察疗效。
3.分子生物学诊断
近年有用聚合酶链反应（PCR）检测蓝氏贾第鞭毛虫核糖体RNA（rRNA）基因产物，可检测出相当于一个滋养体基因组DNA量的扩增拷贝，也可用放射性标记的染色体DNA探针检测滋养体和包囊，分子生物学方法具有高特异性灵敏性。
4.其他检查
腹部B超了解肝、胆情况，尚应做X线胸片和心电图检查。
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