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溯祖理论诞生于20世纪80年代后期。经过十几年的发展日趋完善,并成为研究群体遗传及分子演化的有利工具,由于理论本身的数学分析严密性,对于基因组数据结构的精细处理,有着传统的遗传学理论无可比拟的优越性。