新型隐球菌属酵母菌，在脑脊液、痰液和表早组织中呈圆形或板圆形，直径约5—20μm，四周包括肥厚的胶质样夹膜。该菌以芽生方式繁殖，不生成假菌丝，芽生孢子成熟后脱落成独立个体。新型隐菌广泛分布于自然界，存在土壤、干鸽粪、水果、蔬菜、正常人皮肤和粪便中。在干燥鸽粪中可以生存达数年之久，是人的主要传染源。一般认为该菌可经呼吸道或皮肤黏膜破损处侵入人体，血行播散至脑、骨骼和皮肤。有80％病例中枢神经系统受损，可能隐球菌从鼻腔沿嗅神经及淋巴管传至脑膜所致。正常人血清中存在可溶性抗隐球菌因子，而脑脊液中缺乏，故利于隐球菌生长繁殖。
本病常继发于白血病、淋巴瘤、组织细胞增生症X、胰岛素依赖型糖尿病、免疫缺陷病和接受糖皮质激素或免疫抑制剂治疗的患者，部分原发患者可无明显诱因，近年，随艾滋病发病率的迅速增高，本病的发生率也相应增高。
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