胚层概念是研究个体发育和系统发育的一个指针。
有助于理解个体发育变化和各类器官发育形成的内在联系。
例如眼球的视网膜和脑一样是外胚层受到诱导产生的结构，而嗅囊与耳囊也是外胚层在另外的条件下受到诱导产生的结构。肾上腺的髓部来自外胚层，而皮质部来自中胚层，所以它们的内分泌性质很不相同。
胚层概念还有助于了解个体发育与系统发育的进化关系。
例如：团藻是单层细胞的生物，可认为相当于囊胚阶段。
海绵和腔肠动物的囊胚的部分细胞内迁、内褶成为双层结构。其外壁是外胚层体壁，内部是内胚层消化道。成体相当于原肠胚阶段，它们是双胚层动物。扁虫及更高的各门动物，都是三胚层动物。
胚胎早期，在内、外两胚层之间出现中胚层。低等形式的中胚层细胞是分散的；脊椎动物中胚层则分裂为体壁和脏壁两层，中间分离成为体腔，所以又称为有体腔动物。
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