主要区别是，性质不同、特点不同、应用不同，具体如下：
一、性质不同
1、低聚异麦芽糖
低聚异麦芽糖，又称为异麦芽低聚糖、异麦芽寡糖、分枝低聚糖等 ，是淀粉糖的一种，主要成分为葡萄糖分子间以α-1，6糖苷键结合的异麦芽糖、潘糖、异麦芽三糖及四糖以上的低聚糖。
二、特点不同
1、低聚异麦芽糖
低聚异麦芽糖属于非消化低聚糖类，具有水溶性膳食纤维功能。由于低聚糖不被人体消化液消化，故又称之为低分子质量、非粘性、水溶性膳食纤维。但功能性低聚糖不具有膳食纤维增稠、水和、饱腹作用。
2、低聚果糖
低聚果糖拥有保健功能确切和食品配料优良的双重品格。 以其低热值，无龋齿、促进双歧杆菌增殖、降血糖，改善血清脂质，促进微量元素吸收等优良生理功能。低聚果糖被国际营养学者确认为“具有优良难消化性的水溶性膳食纤维”，可以双向调节人体微生态平衡。
三、应用不同
1、低聚异麦芽糖
低聚异麦芽糖有许多优良的性质和保健生理功能，适合代替部分蔗糖，添加到各种饮料、食品中。
2、低聚果糖
应用于乳酸菌饮料、固体饮料、糖果糕饼、饼干、面包、果冻、冷饮、汤料、谷物等多种食品中。低聚果糖的添加，不仅提高了食品的营养和保健价值，同时还能有效延长如冰淇淋、酸奶、果酱等多种食品的保质期。
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