刚果锥虫病病原体为布氏锥虫，它广泛地侵犯野生动物与家畜。其中有三个亚种对人能致病，即布氏冈比亚锥虫（T.b.gambiense）、布氏罗得西亚锥虫（T．b．rhodesiense）、布氏布氏锥虫（T.b.brucei），前者引起冈比亚锥虫病，次者引起罗得西亚锥虫病，后者主要引起野生动物及家畜（以牛为主）的那加拿（nagana）病，很少引起临床病例，故不详述。

　　布氏锥虫系细胞外寄生原虫。其亚种形态均极为相似，故统一叙述。虫体中央有一个核，后端有一个动基体。鞭毛附着于动基体，沿虫体侧波状膜到达虫体前端后游离。锥虫形态多变，外形为长纺锤状，有细长型（长20～40 μm，游离鞭毛长达6 μm）或粗短型（长15～25μm，宽3.5μm，游离鞭毛短于1 μm或鞭毛不游离）。细长者多见于外周血液内，呈梭状；粗短者多见于组织内。

　　其生活史分在采采蝇（teetee fly），属舌蝇属（Glossinae）和人体两个阶段。当采采蝇吸吮患者或病畜（兽）血时，锥虫随血进入蝇体，在中肠分裂繁殖，穿透肠壁游至前胃进入食管，到涎腺形成上鞭毛体，最后形成有感染性的鞭毛体。此阶段约需12～30天，并使蝇终身（3个月）有传染性。在人体内阶段，乃由有感染性采采蝇叮咬人体时，锥虫即随唾液进入，在局部分裂繁殖后进入血流，在虫血症高潮时以细长型为主，当人体产生免疫力后，则以粗短型较多见。

　　锥虫的三个亚种形态极为相似，过去主要依靠其对某些动物的致病力、生化特点（同工酶）、在蝇体内繁殖情况、临床特点以及流行地区来鉴别。近年来则用分子生物学技术来鉴定。