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气象色谱用的最多的时毛细管柱，对于毛细管柱里样品的出峰顺序，影响因素很多，主要有如下两点：一：色谱柱填料的类型二：样品本身的特性例如毛细管柱的填料分为非极性柱，弱极性柱，中极性柱和强极性柱等，对于非极性柱，出峰顺序主要由样品本身的沸点（分子量）决定，沸点越高，出峰越慢。而在强极性柱里还受样品极性影响，极性越大的出峰越慢。无论用何种毛细管柱，对于绝大多数样品，样品的沸点是影响出峰顺序的决定性因素。其次再考虑极性和升温程序等其他因素。
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